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Introducción a Unix y GNU/Linux

Resumen
Conceptos de Unix y GNU/Linux
Shell, Bash, emulador de terminal, y otras definiciones
Formas de instalar un emulador de terminal de Bash

Jupyter Notebooks

Resumen
Organización de archivos en este libro
Instalación de Anaconda, Jupyter Lab y Kernel de Bash
Creación de Jupyter Notebooks

Manejo de Terminal

Resumen
Terminal: Interacción con la Shell en Linux, MacOS y Windows
Comandos en la shell
Directorios y archivos en UNIX: Parte 1
Wildcards y Streams
Directorios y archivos en UNIX: Parte 2
Variables de ambiente

Procesamiento de ficheros, regex y pipes

Resumen
Archivos y formatos comunes en Bioinformática
Editores de texto
Expresiones regulares ( regex )
Grep
Sed
Cut, sort
Pipes
Respuestas ejercicios deber

Ejercicios para procesamiento ficheros en bioinformática

Resumen
Pre-procesamiento de archivo PDB antes de realizar dinámica molecular
Búsqueda de motivos en archivo fasta de una secuencia de nucleótidos
Extracción de información de archivo multifasta de genomas
Extracción de información de archivo multi-fasta de secuencias de aminoácidos (proteoma)
Extracción de información de archivos fastq
Extracción de información de archivo de experimento de microarray
Búsqueda de sitios de restricción en archivos fasta de secuencias de nucleótidos
Respuestas ejercicios deber

Make

Resumen
Make

SAMTools

Resumen
Instalación de herramientas
Descarga de secuencias
Implementación

AWK

Resumen
Conceptos generales, instalación y variables internas AWK
Estructura de scripts y sintaxis AWK
Ejemplos generales y con enfoque en Bioinformática
Respuestas ejercicios deber AWK

Bash

Resumen
Scripts en Bash
Lógica, condicionales y arreglos
Bucles for y while
Funciones

Git y GitHub

Resumen
Git
GitHub

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