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Contenido

Resumen

El objetivo de este tema es aplicar los conocimientos de las anteriores secciones en ejercicios con un enfoque en Bioinformática. En general, usaremos las herramientas que aprendimos en el tema de procesamiento de ficheros, regex y pipes. Sin embargo, para resolver estos ejercicios se necesita que hayan realizado las tareas entendido los temas de Introducción a Unix y GNU/Linux, Jupyter Lab, y Manejo terminal.

1. Resumen

2. Preprocesamiento de archivo PDB antes de realizar dinámica molecular

3. Búsqueda de motivos en archivo fasta de una secuencia de nucleótidos

4. Extracción de información de archivo multifasta de genomas

5. Extracción de información de archivo multifasta de secuencias de aminoácidos (proteoma)

6. Extracción de información de archivos fastq

7. Extracción de información de archivo de experimento de microarray

8. Búsqueda de sitios de restricción en archivos fasta de secuencias de nucleótidos

9. Respuestas ejercicios deber

Deber

Ejercicios:

Cada una de las secciones de este capítulo se compone de preguntas y ejercicios que se deben realizar usando el notebook de referencia, que se encuentra en este link del repositorio de GitHub del libro.

Nota: Para todos los ejercicios asumimos que están trabajando dentro del directorio _archivos, por lo que comprueben que esto se cumpla siempre que corran un comando.

Recursos adicionales con más ejercicios

• https://bioinformatics.cvr.ac.uk/short-command-lines-for-manipulation-fastq-and-fasta-sequence-files/

• http://people.duke.edu/~ccc14/duke-hts-2018/cliburn/Bash_in_Jupyter.html#1.-Working-with-FASTA-files

• https://tobyhodges.gitbooks.io/introduction-to-regular-expressions/content/

• https://vinuesa.github.io/intro2linux/index.html

• https://github.com/stephenturner/oneliners

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