Resumen
Resumen¶
El propósito de esta unidad es introducir herramientas que usan línea de comando en bioinformática. Aprenderás a descargar secuencias de repositorios en línea como SRA de NCBI, a alinear secuencias fastq a un genoma de referencia con BWA, a manipular archivos SAM con Samtools y buscar SNPs en lecturas de secuenciación en base al genoma de referencia con BCFtools.
Nota que todo esto no se hace en un jupyter notebook sino desde Terminal.