1. Resumen¶
El propósito de esta unidad es introducir herramientas que usan línea de comando en bioinformática. Aprenderás a descargar secuencias de repositorios en línea como SRA de NCBI, a alinear secuencias fastq a un genoma de referencia con BWA, a manipular archivos SAM con Samtools y buscar SNPs en lecturas de secuenciación en base al genoma de referencia con BCFtools.
Nota que todo esto no se hace en un jupyter notebook sino desde Terminal.
Deber
Entregable el archivo covid_esearch.txt y el archivo map.call.vcf.gz resultante de los ejercicios en el taller.
Ejercicios: