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3. Estructura de scripts y sintaxis AWK

En esta parte estudiaremos cómo se estructuran los scripts de AWK, y la sintaxis de las estructuras de programación más usuales.

3.1. Estructura scripts AWK

Un script típico del lenguaje AWK consiste en varias líneas de código con alguna(s) de la(s) siguiente(s) estructura(s):

Estructura de script

Descripción

/patrón/

Se imprimen las líneas que contengan un patrón

{acción}

Se ejecuta una acción en todos los registros del archivo analizado

/patrón/ {acción}

Se ejecuta una acción o acciones en las líneas que tengan un patrón (caracteres normales o regex)

BEGIN {acción}

Ejecuta ciertas acciones antes de que el o los archivo(s) sea(n) procesado(s). Se establecen variables como RS, FS, OFS, entre otras

END {acción}

Ejecuta ciertas acciones luego de procesar el o los archivo(s)

El intérprete gawk analiza el script de AWK línea por línea, de izquierda a derecha. Si existen dos sentencias BEGIN, sus contenidos se ejecutan en orden de aparición. No es necesario que BEGIN y END estén en orden en el script.

3.2. Sintaxis de AWK

Los usos que se han visto hasta ahora se podrían haber realizado con otras herramientas ya conocidas como grep, sed, y otras. Sin embargo, AWK va más allá de las herramientas mencionadas, puesto que es un lenguaje de programación completo y posee condicionales, bucles, algunos operadores y muchas funciones para trabajar con archivos de texto. A continuación se presenta un resumen de las principales estructuras sintácticas:

Estructura de programación

Sintaxis

Condicionales

if(condición1){script1} else if(condición2){script2} else{script3}

Bucles for

for(índice in arreglo){script}; for(inicializar contador;condición;aumentar/disminuir contador)

Bucles while

while(condición){script}

Operadores aritméticos

+, -, *, /, %, =, ++, –, +=, -=

Operadores boleanos

||, &&

Operadores relacionales

<, <=, == !=, >=, >

Funciones integradas

length(str); int(num); index(str1, str2); split(str,arr,del); substr(str,pos,len); printf(fmt,args); tolower(str); toupper(str); gsub(regexp, replacement [, target])

Funciones escritas por el usuario

function FUNNAME (arg1, arg1){code}

Estructuras de datos (arreglos):

array[string]=value

En este resumen se encuentran las estrcuturas más usadas, pero existen muchas más partes en el lenguaje AWK que no revisaremos en este curso.

3.3. Material suplementario

La mayoría de los contenidos de esta parte se obtuvieron de la documentación oficial de GNU, que pueden acceder con el siguiente link y del manual del Curso avanzado de programación AWK y Bash para bioinformática y biocómputo en sistemas GNU/Linux del profesor Pablo Vinuesa de la UNAM, que pueden encontrar en este link.

2. Conceptos generales, instalación y variables internas AWK 4. Ejemplos generales y con enfoque en Bioinformática