1. Resumen¶
El objetivo de este tema es aprender sobre archivos de texto y algunos de los formatos más utilizados en Bioinformática (Fasta, Fastq, BED y PDB), cómo visualizar estos archivos usando diferentes editores de texto (nano, vim y JupyterLab), y el procesamiento de ficheros desde la terminal usando diferentes comandos (grep, sed, cut, sort, uniq y pipes) y expresiones regulares.
Deber
Entregable: Un jupyter notebook que contenga las respuestas de todas las preguntas y ejercicios del capítulo.
Ejercicios:
1.1. Notas adicionales¶
Nota importante
Ingresa al directorio donde guardas el material del curso si no lo has hecho ya y activa tu ambiente de conda. Si seguiste las instrucciones del capítulo dos de JuptyterLab sería ~/taller_unix. Sigue las instrucciones de abajo si necesitas ayuda.
$ cd ~/taller_unix/
$ conda activate bash
$ jupyter lab
Ahora que has accedido a Jupyter Lab crea un notebook para que puedas hacer los ejercicios dentro. Debes entregar un notebook recopilando todos los ejercicios hechos en este capítulo. Los ejercicios son preguntas y pequeños ejercicios que hay en los diferentes temas, los que han sido marcados con la etiqueta de Pregunta. El notebook debería tener esta ubicación en tu computador: ~/taller_unix/4_ficheros/deber_3.ipynb. Organiza los ejercicios en diferentes celdas del Jupyter notebook por tema y sub-sección.
Tip
Aunque el deber se debe entregar en un jupyter notebook, todo esto se puede hacer en Terminal. Te sugiero que hagas los ejercicios primero en Terminal y luego, cuando tengas la seguridad de que los entiendes, los vuelves a hacer desde un jupyter notebook.