1. Resumen¶
El objetivo de este tema es aprender sobre AWK, un lenguaje de programación diseñado para procesamiento de archivos de texto. Analizaremos los elementos, variables internas, estructura de programas escritos en AWK, así como algunos ejemplos con enfoque en Bioinformática. Además, revisaremos su sintaxis para realizar condicionales, bucles, operadores aritméticos, entre otras estructuras de programación, pero no realizaremos ejemplos aplicando estas estructuras debido a que esto lo abordaremos en el tema de Bash.
Deber
Entregable: Un jupyter notebook que contenga las respuestas de todas las preguntas de los siguientes ejercicios de la sección anterior resueltos usando AWK:
Extracción de información de archivos fastq
Extracción de información de archivo de experimento de microarray
Búsqueda de sitios de restricción en archivos fasta de secuencias de nucleótidos
Las instrucciones para acceder al notebook de referencia y otras indicaciones son las mismas que en la sección anterior.
Cuando tengas tu notebook listo con todas las respuestas haz una copia de este documento en la carpeta correspondiente, que en este caso sería: ~/taller_unix/8_AWK/deber_7.ipynb Debes entregar el notebok de referencia con los ejercicios mencionados resueltos usando AWK