GNU/Linux para Bioinformática

Inicio

Introducción a Unix y GNU/Linux

1. Resumen
2. Conceptos Unix y GNU/Linux
3. Shell, bash, y emulador de terminal
4. Formas de instalar emulador de terminal de Bash

Jupyter Lab

1. Resumen
2. Organización de archivos duante el taller
3. Instalación de Anaconda, Jupyter Lab y Bash Kernel
4. Creación de Jupyter Notebooks
5. Primer encuentro con Vim

Manejo de Terminal

1. Resumen
2. Bash como shell de GNU/Linux
3. Terminal: Interacción con la Shell en Linux, MacOS y Windows
4. Comandos en la shell
5. Directorios y archivos en UNIX: Parte 1
6. Wildcards y Streams
7. Directorios y archivos en UNIX: Parte 2
8. Variables de ambiente

Procesamiento de ficheros, regex y pipes

1. Resumen
2. Archivos y formatos comunes en Bioinformática
3. Editores de texto
4. Expresiones regulares ( regex )
5. Grep
6. Sed
7. Cut, sort
8. Pipes
9. Respuestas ejercicios deber

Ejercicios para procesamiento ficheros en bioinformática

1. Resumen
2. Preprocesamiento de archivo PDB antes de realizar dinámica molecular
3. Búsqueda de motivos en archivo fasta de una secuencia de nucleótidos
4. Extracción de información de archivo multifasta de genomas
5. Extracción de información de archivo multifasta de secuencias de aminoácidos (proteoma)
6. Extracción de información de archivos fastq
7. Extracción de información de archivo de experimento de microarray
8. Búsqueda de sitios de restricción en archivos fasta de secuencias de nucleótidos
9. Respuestas ejercicios deber

Make

1. Resumen
2. Make

SAMTools

1. Resumen
2. Instalación de herramientas
3. Descarga de secuencias
4. Implementación

AWK

1. Resumen
2. Conceptos generales, instalación y variables internas AWK
3. Estructura de scripts y sintaxis AWK
4. Ejemplos generales y con enfoque en Bioinformática
5. Respuestas ejercicios deber

Bash

1. Resumen
2. Scripts en Bash
3. Lógica, condicionales y arreglos
4. Bucles for y while
5. Funciones

Git y GitHub

1. Resumen
2. Git
3. GitHub

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5. Respuestas ejercicios deber¶

Actualizaremos esta parte luego de la fecha de entrega del deber

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4. Ejemplos generales y con enfoque en Bioinformática 1. Resumen

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